고추장 담그는 시기가 다른 지방과 다르다.
다른 지역은 음력 10월에 메주를 쑤어 바로 메주를 띄우나 순창에서는 음력 7월 전후(양력 8~9월)인 여름철에 고추장용 메주를 별도로 만든다. 음력 7월에 메주를 쑤는 이유는 장의 단맛을 내는 곰팡이가 온도가 높을수록 많이 번식하기 때문이라고 한다.
그리고 그 메주를 충분히 발효시켜 이듬해 봄에 담그고 고추장도 음력 동짓달 중순에서 섣달 중순 사이에 담근다. (12월에서 이듬해 5월까지도 담근다. 단, 담그는 시기가 늦어지면 고추장에 소금을 많이 사용해야 고추장이 시는 것을 막는다.)
순창 고추장은 다른 지방의 고추장과 다음 몇가지 점에서 다르다는 것이 시험 결과 입증되었다.
우선 순창 고추장에는 감칠맛을 내는 아미노산인 구루타믹산 아스파틱산이 가장 많고 불쾌미(쓴 맛)을 내는 아미노산인 이쇼류신,류신,히스티딘,아루티딘,아루기닌,페니라라닌산 등이 적게 들어있다.
또한 메주를 띄우는 시기(8 ~ 9월)가 여름철이어서 곰팡이인 아스폐규루스, 오리제(최적온도 26~29도)가 활발히 분해되어 단백 분해와 당화 효소가 잘 용해되고 고추장 담그는 시기(10 ~ 익년 3월까지)가 추운 겨울이어서 당화 속도가 느리고 유산균의 번식이 느려 신맛을 내지 않고 감칠맛이 생긴다고 한다.
더욱이 순창의 고추장은 순창물맛(천연수)과 효소가 생성되기 적당한 기후가 조화를 이루어 발효가 적절히 이루어지므로 고추장 중에서도 순창 고추장을 으뜸으로 여기고 있다.